Covid, perché le nuove varianti fanno paura

Aumentano, si combinano e alcune hanno sviluppato la capacità di sfuggire ai vaccini e alla nostra risposta immunitaria. Per limitare i danni bisogna individuarle subito
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Troppe varianti di Sars-Cov-2 che costituiscono un potenziale rischio anche per l'efficacia dei vaccini. La risposta sta nel sequenziamento a tappeto del genoma del Coronavirus, sequenziamento che si rende necessario di fronte al pericolo costituito dalle varianti emergenti ritenute più infettive, potenzialmente capaci di sfuggire alla risposta immunitaria del nostro organismo e, questa è la novità, anche più letali. Il monitoraggio della loro diffusione è dunque più che mai necessario alla messa a punto di strategie di controllo e contenimento efficaci, tanto che c’è molta attesa per i kit di analisi per la loro veloce individuazione che sono al momento in via di sviluppo.

 

Coronavirus, dai contagi all'efficacia dei vaccini: cosa sappiamo della variante inglese

Al momento la variante più diffusa a livello mondiale è la VOC 202012/01, inizialmente chiamata inglese perché isolata per la prima volta in Gran Bretagna lo scorso dicembre. La sua prevalenza in Italia è del 17.8%, con picchi più elevati in alcune zone come l’Abruzzo, e pare destinata ad avere il sopravvento in un paio di settimane. Questa variante è più contagiosa dal 30% al 50% rispetto agli altri ceppi e si associa, quindi, a un aumento di casi e quindi di decessi, ma anche – e questa è la novità più grande - ad “un aumentato rischio di ospedalizzazione e di morte” come si legge nel documento del Nervtag, il Cts britannico, pubblicato sul sito del governo. “Uno studio caso-controllo, che ha cioè paragonato l’esito di Covid-19 in due gruppi di pazienti dalle caratteristiche anagrafiche e di salute molto simili, distinti solo dal fatto che uno dei due aveva la variante inglese, indica che questa porta a un tasso di mortalità superiore del 36%. Questa cifra sale al 58% secondo un preprint della London School of Hygiene and Tropical Medicine” spiega il professor Paolo Bonfanti, direttore delle Malattie Infettive dell’Ospedale San Gerardo di Monza e docente dell’Università di Milano Bicocca. Sono dati solidi, ma vanno letti bene. Non ci si faccia ingannare dalle cifre. “Questo non significa che il 58% delle persone malate morirà. Il 58% è il rischio relativo e non va confuso con il rischio assoluto, valore cui guardare perché indica il rischio di decesso e che è tra lo 0,6% e lo 0,9%”. Ci si è anche chiesti se la nuova variante potesse avere una particolare affinità con i bambini ma la risposta di uno studio inglese apparso su Lancet è chiara: “Ed è no: l’aumentato numero di infezioni, anche tra i più piccoli, dipende solo dal suo essere più contagiosa”. A spaventare di più è il rischio che venga meno l’efficacia dei vaccini, che nel caso della variante inglese sembra essere conservata. “Non si può essere sicuri che lo stesso valga per una ulteriore variante individuata in Brasile, dove sono molte le re-infezioni, indice della capacità del ceppo virale di eludere la risposta immunitaria data da precedenti infezioni oltre che dai nuovi vaccini”.

 

La lotta contro la loro diffusione richiede la pronta individuazione dei nuovi ceppi in circolazione e così il Centro europeo per la prevenzione e il controllo delle malattie (Ecdc) raccomanda il sequenziamento genetico di almeno 500 campioni a settimana a livello nazionale. “Il monitoraggio serve per capire quali varianti abortiscono perché non conferiscono alcun vantaggio al virus e quali invece sono destinate a diventare prevalenti, non lo possiamo infatti sapere a priori”, spiega l’infettivologo che ricorda come questo sia sempre accaduto: la scorsa primavera i virus circolanti in Europa non erano quello di Wuhan. “Il sequenziamento completo del genoma virale è complesso e costoso, è un lavoro di ricerca di sottofondo essenziale che deve continuare e serve per una valutazione complessiva della situazione”. L’urgenza attuale, tuttavia, come già raccomandato dall’Ecdc, riguarda la pronta individuazione delle varianti già note, che danno al virus un vantaggio biologico e “per le quali si sta ampliando la rete di laboratori preposti alle analisi genetiche riguardanti le sole sequenze incriminate e non l’intero genoma virali”, un po’ come si è fatto un anno fa di fronte alla necessità di eseguire moltissimi tamponi molecolari.

Inglese, brasiliana, sudafricana: le varianti Covid che preoccupano

L’infettivologo ricorda che “le misure individuali di protezione che abbiamo adottato fin qui, mascherina, distanziamento e igiene, continuano a funzionare anche con le varianti. Adottiamole. Non si pensi di aver scollinato perché siamo ancora nel mezzo della pandemia”.

Anche il Ministero della Salute in una circolare dal titolo "Aggiornamento sulla diffusione a livello globale delle nuove varianti Sars-CoV-2, valutazione del rischio e misure di controllo", aveva raccomandato il sequenziamento di almeno 500 casi a settimana, elencando le priorità da seguire nella scelta dei casi da sequenziare.

 


“Cinquecento a settimana sono davvero pochi - commenta Massimo Delledonne, genetista dell’Università degli Studi di Verona e massimo esperto di biotecnologie - sarebbe necessario attuare uno screening genomico routinario su almeno il 5% dei tamponi molecolari positivi processati ogni giorno”, che è la soglia cui arriva il Regno Unito.

La sorveglianza delle infezioni emergenti è cruciale per l’individuazione di nuovi focolai e consente di redigere delle mappe spazio-temporali sull’origine e sulla circolazione dei vari ceppi. Guardare alla mappa genomica e rilevare affinità e divergenze tra varianti del virus fa capire come si stanno muovendo ed eventuali cambiamenti nella loro aggressività. Queste conoscenze sono la condizione necessaria di una gestione informata della pandemia.

L’Italia è però in forte ritardo, il sequenziamento a tappeto non è mai partito. La piattaforma Gisaid  al momento contiene 458.510 sequenze totali: sono soltanto 3017 quelle depositate da ricercatori italiani, dai primi turisti di Hubei di fine gennaio 2020 fino all’ultimo caso del 18 gennaio scorso. Di queste, 2707 sono abbastanza complete, le rimanenti sono sequenze parziali. “È dal marzo scorso che chiediamo di poter procedere con il sequenziamento del genoma dei vari ceppi virali in circolazione”, rivela Delledonne, uno dei primi a procedere con il suo laboratorio. E non è certamente un problema di strumentazioni, perché quelle in Italia ci sono: “Nel paese, grazie a strumentazioni e competenze, avremmo la capacità di arrivare a diverse migliaia sequenziamenti al giorno”. Il costo di un sequenziamento è del tutto simile a quello di un test molecolare, circa 200 euro se di altissima qualità.

Di fronte alla mancanza di bandi istituzionali, per avere accesso a qualche finanziamento, Delledonne ha preso l’iniziativa: “Investendo una somma di 50mila euro, che è relativamente piccola rispetto a quanto si spende quotidianamente nel processamento di tamponi molecolari, abbiamo sequenziato 200 casi in collaborazione con l’Irccs Sacro Cuore Don Calabria di Negrar”. Tra questi, c’è anche il primo caso di recidiva in Italia, perché “molte delle cosiddette seconde infezioni erano in realtà recidive; se non si cerca la variante, non la si trova” spiega Delledonne, responsabile di un lavoro pubblicato come preprint su MedRxiv dove viene presentato un protocollo per il “sequenziamento di campioni clinici, compresi quelli subottimali che di solito sarebbero esclusi, anche se unici e insostituibili”. È, infatti, importante poter ottenere sequenze genomiche complete e accurate mentre, soprattutto quando la carica virale nei campioni è bassa, gli errori nelle analisi possono arrivare anche al 15-20% dei casi. Nello studio, si ribadisce che il primo caso di reinfezione italiana fu una recidiva, così come probabilmente fu recidiva quello che viene riportato da Lancet Infectious Disease come primo caso di reinfezione negli Stati Uniti.

Per sequenziare bisogna ovviamente avere accesso ai campioni: “Chi li raccoglie, dovrebbe poter procedere al loro sequenziamento immediatamente. Già lo scorso agosto, assieme al team delle malattie infettive di Zeno Bisoffi all’ospedale di Negrar, avevamo sequenziato la variante inglese in due veronesi di rientro da un viaggio in Croazia”. Il tempo perso è difficilmente recuperabile, spiega il genetista, perché “più il campione è fresco, più è facilmente caratterizzabile e la sequenza genomica risultante è esatta”.

Sequenziare e farlo bene, ci spiega il genetista, significa avere il controllo della situazione, capire quali delle numerose differenze tra virus possono essere significative: “Da dati affidabili si possono ricavare informazioni accurare anche sulle interazioni virus ospite per capire se abbiamo a che fare con un ceppo magari poco virulento che si è adattato”.

Altri paesi si sono mossi prontamente. Come il Regno Unito, che già lo scorso aprile ha creato il consorzio britannico Cog-UK  che, tra le altre cose, monitora eventuali mutazioni per una individuazione precoce di potenziali resistenze agli anticorpi, superando quota 200.000 genomi Sars-CoV-2 sequenziati. Il sequenziamento andrà incontro a un’ulteriore accelerata determinata dai timori legati alla variante sudafricana: due settimane in cui decine di migliaia di persone verranno testate porta a porta per “fermare del tutto la diffusione di queste nuove varianti” e “mettere in ginocchio il virus”, come ha detto Matt Hancock, il segretario alla salute, ordinando di testare circa 80mila residenti nelle aree dove sono stati individuati casi non collegabili a viaggi all’estero. Si pensa anche all’analisi delle acque di scarto: “È una strada che chiedemmo di percorrere anche noi, in Italia, prima dell’estate scorsa - rivela  Delledonne - avevamo messo a punto i protocolli, avremmo potuto procedere con grande accuratezza, individuando finanche i singoli domicili. Mi auguro che tutti i centri attrezzati possano partire presto”. Numerosi studi dimostrano la potenza di questa strategia nel predire nuove ondate pandemiche.

Secondo un lavoro appena apparso su International Journal of Infectious Diseases, che ha valutato le prestazioni dei paesi per quanto riguarda la percentuale di campioni sequenziati, la prontezza d’azione e la condivisione dei propri dati, in cima alla lista ci sono gli Stati Uniti, l’Islanda, i Paesi Bassi, il Regno Unito e l’Australia e anche il Congo. Scrivono gli autori che “un ulteriore rafforzamento della capacità di sequenziamento a livello globale aiuterebbe nella lotta non solo contro l'attuale pandemia ma anche contro futuri focolai di malattie virali”. Un potenziamento delle capacità di sequenziamento genomico è in atto anche nel continente africano, dove l’Africa Center for Disease Control (Africa Cdc) e l’Unione Africana lo scorso ottobre hanno lanciato l’Africa Pathogen Genomics Initiative (Africa PGI), partenariato pubblico-privato da 100milioni di dollari.